Surat Edaran Dirjen Pajak Nomor SE - 03/PJ.7/2001

I.

Umum

1.1	Jenis Pemeriksaan Jenis pemeriksaan terdiri dari : 1) Pemeriksaan Rutin, yaitu pemeriksaan yang bersifat rutin dilakukan terhadap Wajib Pajak sehubungan dengan pemenuhan hak dan kewajiban perpajakannya. 2) Pemeriksaan Kriteria Seleksi, yaitu pemeriksaan yang dilakukan terhadap Wajib Pajak tertentu berdasar skor otomatis secara komputerisasi. 3) Pemeriksaan Khusus, yaitu pemeriksaan yang dilakukan terutama terhadap Wajib Pajak sehubungan dengan adanya keterangan atau masalah yang berkaitan dengannya. 4) Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi, yaitu pemeriksaan yang dilakukan atas cabang, perwakilan, pabrik dan atau tempat usaha dari Wajib Pajak Domisili. 5) Pemeriksaan Tahun Berjalan, yaitu pemeriksaan terhadap Wajib Pajak yang dilakukan dalam Tahun berjalan untuk jenis-jenis pajak tertentu atau seluruh jenis Pajak (all taxes) dan untuk mengumpulkan data atau keterangan atas kewajiban pajak lainnya. 6) Pemeriksaan Bukti Permulaan, yaitu pemeriksaan yang dilakukan untuk mendapatkan bukti permulaan tentang adanya dugaan telah terjadi tindak pidana di bidang perpajakan. 7) Pemeriksaan Lapangan, yaitu pemeriksaan yang dilakukan di tempat Wajib Pajak seperti kantor, pabrik, tempat usaha, tempat tinggal atau tempat lain yang diduga ada kaitannya dengan kegiatan usaha atau pekerjaan bebas Wajib Pajak atau tempat lain yang ditentukan oleh Direktur Jenderal Pajak. 8) Pemeriksaan Kantor yaitu pemeriksaan yang dilakukan di Kantor Direktorat Jenderal Pajak 9) Pemeriksaaan Terintegrasi, yaitu pemeriksaaan yang dilaksanakan dengan pertukaran data dan informasi dari para Wajib Pajak terperiksa yang terdapat hubungan yang terintegrasi seperti Wajib Pajak Domisili dengan Wajib Pajak Lokasi atau dari Wajib Pajak-Wajib Pajak terperiksa yang ada hubungan usaha dan finansial.
1.2	Ruang Lingkup Pemeriksaan a. Ruang Lingkup Pemeriksaan meliputi pemeriksaan untuk semua jenis pajak (all taxes) dan satu atau beberapa jenis pajak.                 Pemeriksaannya dapat dilakukan dengan pemeriksaan lapangan (lengkap atau sederhana) dan pemeriksaan kantor. b. Pelaksanaan Pemeriksaan Lapangan dan Kantor ditetapkan sebagai berikut: 1) Pemeriksaan Lapangan, dilakukan atas satu, beberapa atau seluruh jenis pajak, untuk tahun berjalan dan atau tahun-tahun     sebelumnya dan atau untuk tujuan lain. Pemeriksaan Lapangan terdiri dari: Pemeriksaan Lengkap (PL) adalah Pemeriksaan Lapangan yang dilakukan terhadap Wajib Pajak, termasuk kerjasama operasi dan konsorsium, untuk seluruh jenis pajak (all taxes), termasuk Bea Perolehan Hak atas Tanah dan Bangunan (BPHTB), untuk tahun berjalan dan atau tahun-tahun sebelumnya, yang dilaksanakan dengan menerapkan teknik-teknik pemeriksaan yang secara umum lazim digunakan dalam rangka mencapai tujuan pemeriksaan. Pemeriksaan Sederhana Lapangan (PSL) adalah Pemeriksaan Lapangan yang dilakukan untuk satu, beberapa atau seluruh jenis pajak (all taxes), untuk tahun berjalan dan atau tahun-tahun sebelumnya, yang dilaksanakan dengan menerapkan teknik-teknik pemeriksaan yang dipandang perlu menurut keadaan dalam rangka mencapai tujuan pemeriksaan. 2) Pemeriksaan Kantor, dilaksanakan atas satu jenis pajak tertentu dalam tahun berjalan dan atau tahun-tahun sebelumnya.       Pemeriksaan Kantor hanya dapat dilaksanakan dengan Pemeriksaan Sederhana Kantor (PSK).
1.3	Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan a. Untuk meningkatkan produktivitas, jangka waktu penyelesaian pemeriksaan ditetapkan sebagai berikut: 1) PSK harus diselesaikan dalam jangka waktu 4 (empat) minggu terhitung sejak saat Surat Panggilan dikirimkan kepada Wajib Pajak. 2)  PSL harus diselesaikan dalam jangka waktu I (satu) bulan terhitung sejak saat Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak disampaikan kepada Wajib Pajak. 3) PSL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi harus diselesaikan dalam jangka waktu paling lama 30 (tiga puluh) hari terhitung sejak tanggal Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak Wajib Pajak Lokasi diterbitkan dan tidak dapat diperpanjang. 4) PL harus diselesaikan dalam jangka waktu 2 (dua) bulan terhitung sejak saat Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak disampaikan kepada Wajib Pajak, kecuali PL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi. 5)  PL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi harus diselesaikan dalam jangka waktu paling lama 45 (empat puluh lima) hari terhitung sejak tanggal Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak Wajib Pajak Lokasi diterbitkan dan tidak dapat diperpanjang. 6)  PSL atau PL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Tahun Berjalan harus diselesaikan dalam jangka waktu I (satu) bulan terhitung sejak saat Surat Pemberitahuan pemeriksaan Pajak disampaikan kepada Wajib Pajak, dan jangka waktu tersebut tidak dapat diperpanjang. 7) PSL atau PL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Khusus berdasarkan instruksi dari Direktur Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak (Direktur P4) harus diselesaikan dengan memperhatikan jangka waktu sebagaimana tersebut dalam instruksi. 8)  PL sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Bukti Permulaan berdasarkan instruksi dari Direktur P4 atau Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak (Ka Kanwil DJP) harus diselesaikan dengan memperhatikan jangka waktu sebagaimana tersebut dalam instruksi dimaksud. b.  Jangka waktu penyelesaian pemeriksaan seperti tersebut di atas tidak dapat diubah meskipun terjadi pergantian Pemeriksa Pajak. c. Dalam rangka pelaksanaan pengawasan atas waktu penyelesaian pemeriksaan, Kepala Unit Pelaksana Pemeriksaan Pajak (Ka UP3) harus melaporkan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak yang telah diterima oleh Wajib Pajak dan Surat Panggilan yang telah dikirim ke Wajib Pajak kepada Ka Kanwil DJP atasannya. Daftar dibuat setiap bulan dan dikirimkan kepada Ka Kanwil DIP atasannya paling lambat tanggal 10 bulan berikutnya dengan menggunakan formulir pada Lampiran 1 d.  Perpanjangan Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan 1) Dengan pemberitahuan, beserta alasan tidak dapat diselesaikannya pemeriksaan dalam jangka waktu sebagaimana dimaksud dalam butir 1.3 huruf a angka 1) 2) dan 4), kepada Ka Kanwil DJP atasannya atau Direktur P4, Ka UP3 dapat memperpanjang jangka waktu pemeriksaan dengan ketetapan sebagai berikut: a)  Perpanjangan jangka waktu penyelesaian paling lama: 2 (dua) minggu untuk PSK dan tidak dapat diperpanjang lagi; 1 (satu) bulan untuk PSL dan tidak dapat diperpanjang lagi, kecuali terdapat indikasi transfer pricing; atau 2 (dua) bulan untuk PL b)  Pemberitahuan harus disampaikan paling lambat 3 (tiga) hari sebelum jangka waktu PSK berakhir atau 7 (tujuh) hari sebelum jangka waktu PSL atau PL berakhir, dengan mempergunakan Formulir Surat Pemberitahuan Perpanjangan Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan seperti pada Lampiran 2 c)  Pemberitahuan yang disampaikan melewati jangka waktu pemeriksaan harus disertai dengan alasan keterlambatan tersebut d)  Pemberitahuan tidak dapat diajukan dalam hal Pemeriksaan Khusus atau Pemeriksaan Bukti Permulaan dilaksanakan berdasarkan instruksi Direktur P4 atau Kepala Kanwil DJP 2) Berdasarkan permohonan Ka UP3, Ka Kanwil DJP atasannya atau Direktur P4 dapat memperpanjang jangka waktu penyelesaian PSL dan PL sebagaimana dimaksud pada butir d angka 1) huruf a) dengan ketetapan sebagai berikut: a) Permohonan untuk tiap perpanjangan (pertama dan kedua) harus diajukan paling lambat 7 (tujuh) hari sebelum jangka waktu penyelesaian PSL atau PL berakhir. Permohonan disertai dengan alasan dan Laporan Kemajuan Pemeriksaan (audit progress report) dengan mempergunakan Formulir Surat Permohonan Perpanjangan Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan seperti pada Lampiran 3 b)  Perpanjangan dapat diberikan paling banyak 2 (dua) kali 2 (dua) bulan untuk PL, kecuali terdapat indikasi transfer pricing dengan mempergunakan Formulir Surat Persetujuan atau Penolakan Perpanjangan Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan seperti pada Lampiran 4 3) Berdasarkan permohonan Ka UP3, Ka Kanwil DJP atasannya atau Direktur P4 dapat memberikan perpanjangan jangka waktu penyelesaian Pemeriksaan Khusus atau Pemeriksaan Bukti Permulaan dengan ketetapan sebagai berikut: a) Sesuai dengan kompleksitas masalah yang dihadapi Pemeriksa, waktu perpanjangan penyelesaian pemeriksaan diserahkan pada kebijaksanaan Ka Kanwil DJP atau Direktur P4. Persetujuan dapat diberikan dengan menggunakan Formulir Surat Persetujuan atau Penolakan Perpanjangan Jangka Waktu Penyelesaian Pemeriksaan seperti pada Lampiran 4 atau dengan surat biasa. b) Permohonan beserta alasan dan laporan kemajuan penyelesaian Pemeriksaan (audit progress report) harus diajukan selambatnya 7 (tujuh) hari sebelum jangka waktu penyelesaian pemeriksaan berakhir. 4)  Apabila terdapat petunjuk transfer pricing, jangka waktu pemeriksaan dapat diperpanjang menjadi paling lama 2 (dua) Tahun. 5) Ka UP3 pembuat Surat Pemberitahuan atau Permohonan Perpanjangan sebagaimana dimaksud angka 2) dan angka 3) adalah Ka KPP atau Ka Karikpa atau Koordinator Kelompok Fungsional Pemeriksa Pajak di Kanwil DJP untuk pemberitahuan atau permohonan kepada Ka Kanwil DJP, atau Koordinator Kelompok Fungsional Pemeriksa di KP DJP untuk pemberitahuan atau permohonan kepada Direktur P4.
	e.	Atas pemeriksaan yang tidak dapat diselesaikan dalam jangka waktu yang telah ditetapkan, Ka Kanwil DJP melaporkan kepada KP DJP cq Direktur P4 untuk dievaluasi lebih lanjut dengan menggunakan formulir sesuai dengan contoh pada Lampiran 5
1.4	Pelaksanaan dan Jangka Waktu Pemeriksaan berdasarkan golongan Wajib Pajak a  Dalam rangka meningkatkan pelayanan dan produktivitas, berdasarkan golongan Wajib Pajak pelaksanaan serta jangka waktu penyelesaian pemeriksaan diatur sebagai berikut : No.  Golongan Wajib Pajak  Pelaksanaan  Pemeriksaan  Jangka Waktu Pemeriksaan 1 WP Badan Khusus: a.  WP Masuk Bursa  PSK/PSL/PL 4 minggu/ 1 bulan/ 2 bulan b. Bentuk Usaha Tetap Bank  PSK/PSL/PL 4 minggu/ 1 bulan/ 2 bulan c. BUMN/BUMD PSK/PSL/PL 4 minggu/ 1 bulan/ 2 bulan 2. WP Orang Pribadi dan WP Badan Besar Lainnya PL/PSL/PSK  2 bulan/ 1 bulan/ 4 minggu 3. WP Orang Pribadi dan WP Badan Menengah, termasuk para profesional Dan BUT selain Bank  PL/PSL/PSK  2 bulan/1 bulan/ 4 minggu 4.  WP Kecil dan WP Orang Pribadi tidak menjalankan usaha atau pekerjaan bebas  PSL/PSK  1 bulan/ 4 minggu  b. Terhadap Wajib Pajak Masuk Bursa (butir 1 huruf a), dapat dilakukan PSK apabila terpenuhi seluruh kriteria di bawah ini: 1) Laporan Keuangan hasil audit Akuntan Publik menyatakan pendapat Wajar Tanpa Pengecualian (unqualified opinion). 2) Menyampaikan SPT tepat waktu (baik dengan maupun tanpa perpanjangan waktu). 3) Memenuhi pembayaran pajaknya tepat waktu dan tidak memiliki tunggakan pajak yang jumlahnya signifikan. 4)  Jumlah koreksi atas SPT Tahunan PPhTahun atau Tahun-Tahun pajak sebelumnya tidak signifikan. 5) Tidak ada kerugian Tahun atau Tahun-Tahun pajak sebelumnya yang belum dilakukan pemeriksaan. 6)  Tidak melakukan praktik transfer pricing. 7)  Tidak terdapat indikasi tindak pidana pajak. c.  Terhadap Wajib Pajak Masuk Bursa yang tidak memenuhi seluruh kriteria tersebut di atas dapat dilakukan PSL atau PL. Penentuan UP3-nya dilakukan oleh Ka Kanwil VI DJP Jaya Khusus d.  Terhadap Wajib Pajak Badan Khusus (butir 1), PSK sedapat mungkin dilakukan untuk seluruh jenis pajak (all taxes) dengan jangka waktu penyelesaian pemeriksaan selama 4 (empat) minggu dan dapat diperpanjang selama 4 (empat) minggu. Berdasarkan instruksi Direktur P4 atau Ka Kanwil DJP terkait, PSL atau PL dapat pula dilakukan terhadap Wajib Pajak Badan Khusus yang patut diduga tidak memenuhi kewajiban perpajakan sebagaimana mestinya. Dalam hal ditemukan data baru dan atau data yang semula belum terungkap, walaupun sudah dilakukan pemeriksaan masih terbuka kesempatan untuk dilakukan pemeriksaan ulang melalui PL sesuai dengan ketentuan.
1.5	Pemeriksaan Ulang a. Kriteria Pemeriksaan Ulang 1)  Pemeriksaan ulang dapat dilaksanakan dalam hal: a)  terdapat indikasi bahwa Wajib Pajak melakukan tindak pidana di bidang perpajakan; b) terdapat data baru dan atau data yang semula belum terungkap yang dapat mengakibatkan penambahan pajak terutang; atau c) sebab-sebab lain berdasarkan instruksi Direktur Jenderal Pajak. 2) Sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 15 ayat (1) Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2000, yang dimaksud dengan data baru adalah data atau keterangan mengenai segala sesuatu yang diperlukan untuk menghitung besamya jumlah pajak yang terutang oleh Wajib Pajak belum diberitahukan pada waktu penetapan semula, baik dalam Surat Pemberitahuan dan lampiran-lampirannya maupun dalam pembukuan perusahaan yang diserahkan pada waktu pemeriksaan. Sedangkan yang dimaksud dengan data baru yang semula belum terungkap adalah data atau keterangan lain mengenai segala sesuatu yang diperlukan untuk menghitung besaya jumlah pajak yang terutang, yang: a) Tidak diungkapkan oleh Wajib Pajak dalam Surat Pemberitahuan beserta lampirannya (termasuk laporan keuangan); dan atau b) pada waktu pemeriksaan untuk penetapan semula Wajib Pajak tidak mengungkapkan data dan atau memberikan keterangan lain secara benar, lengkap, dan terinci sehingga tidak memungkinkan fiskus dapat menerapkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan dengan benar dalam menghitung jumlah pajak yang terutang. b.  Usul Pemeriksaan 1)  Ka KPP atau Karikpa dapat mengajukan usul untuk melakukan Pemeriksaan Ulang yang memenuhi kriteria sebagaimana dimaksud dalam butir 1.5 huruf a angka 1) huruf a) dan b) kepada Ka Kanwil DJP atasannya. 2) Berdasarkan usul KPP atau Karikpa atau usul dari Kanwil DJP sendiri, Ka Kanwil DJP dapat mengajukan usul untuk melakukan Pemeriksaan Ulang kepada Direktur P4. 3) Setiap pengajuan usul untuk melakukan Pemeriksaan Ulang harus disertai dengan alasan yang jelas dan dilengkapi dengan bukti pendukungnya serta ringkasan hasil pemeriksaan yang telah dilakukan untuk Tahun pajak yang sama. 4) Berdasarkan pertimbangan Direktur P4, usul Pemeriksaan Ulang yang diajukan oleh Ka Kanwil DJP akan diteruskan ke Direktur Jenderal Pajak untuk mendapat persetujuan. c.  Persetujuan Pemeriksaan Persetujuan untuk melakukan Pemeriksaan Ulang diberikan oleh Direktur Jenderal Pajak dengan mempertimbangkan bobot masalah penyebab diajukannya usul Pemeriksaan tersebut. d.  Ruang Lingkup Pemeriksaan dan Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan Pemeriksaan Ulang harus meliputi seluruh jenis pajak (all taxes) walaupun data baru atau data yang belum terungkap atau data lain hanya mencakup jenis-jenis pajak tertentu saja. Pemeriksaan Ulang harus dilaksanakan melalui Pemeriksaan Lapangan. Pemberitahuan hasil pemeriksaan kepada Wajib Pajak dan pembahasan akhir (closing conference) baru dapat dilakukan setelah hasil pemeriksaan tersebut dibahas (direview) dan disetujui oleh Direktur P4.
1.6	Standar Prestasi a. Standar prestasi setiap pemeriksa per Tahun ditetapkan sebagai berikut: 1) 6 (enam) Laporan Pemeriksaan Pajak (LPP) untuk Pejabat Fungsional Pemeriksa Pajak pada Unit Pelaksana Pemeriksaan Lengkap di lingkungan Kanwil VI DJP dan Kantor Pusat DJP. 2) 8 (delapan) LPP untuk Pejabat Fungsional Pemeriksa Pajak pada Unit Pelaksana Pemeriksaan Lengkap di lingkungan Kanwil DJP lainnya 3) 20 (dua puluh) LPP untuk Pemeriksa Pajak pada Unit Pelaksana Pemeriksaan Sederhana di lingkungan Kanwil VI DJP 4) 25 (dua puluh lima) LPP untuk Pemeriksa Pajak pada Unit Pelaksana Pemeriksaan Sederhana di lingkungan Kanwil DJP lainnya.  b. Standar prestasi tersebut di atas akan dievaluasi setiap Tahun sesuai dengan kebutuhan.
1.7	Penerbitan Lembar Penugasan Pemeriksaan (LP2) Pengaturan penerbitan LP2 untuk sementara masih mengacu pada Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-04/PJ.7/2000 tanggal 12 April 2000. Keputusan mendesentralisasikan penerbitan LP2 kepada Kanwil DJP secara bertahap akan ditetapkan segera setelah implementasi program aplikasi penerbitan LP2 dan prasarananya secara penuh dapat dilakukan oleh masing-masing Kanwil DJP.

II.

Pemeriksaan Rutin

2.1 Kriteria Pemeriksaan Rutin a. Pemeriksaan Rutin pada umumnya dilakukan atas: 1)  SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Orang Pribadi/Badan yang menyatakan Lebih Bayar. 2) SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Badan yang menyatakan Rugi Tidak Lebih Bayar. 3)  Data Prioritas dan atau Alat Keterangan. b  Pemeriksaan Rutin Lainnya dilaksanakan apabila: 1) Terdapat Kerjasama Operasi (KSO) atau Konsorsium; 2) Wajib Pajak Orang Pribadi atau Badan menyampaikan: -  SPT Tahunan PPh Pasal 21 yang menyatakan lebih bayar. -  SPT Masa PPN yang masa pajak terakhir dari suatu Tahun pajak yang menyatakan lebih bayar (baik meminta restitusi maupun kompensasi). 3) Wajib Pajak Orang Pribadi atau Badan menyampaikan: -  SPT Tahunan PPh untuk bagian Tahun pajak sebagai akibat adanya perubahan Tahun buku yang telah disetujui oleh Direktur Jenderal Pajak; - SPT Tahunan PPh untuk Tahun pajak saat Wajib Pajak melakukan penilaian kembali aktiva tetap yang telah disetujui oleh Direktur Jenderal Pajak; - SPT Tahunan PPh untuk Tahun pajak saat Wajib Pajak melakukan penggabungan, pemekaran, pengambilalihan usaha, atau likuidasi (Wajib Pajak yang mengajukan permohonan pembubaran dengan melampirkan Laporan Keuangan Likuidasi atau diketahui dari media massa bahwa Wajib Pajak akan melakukan likuidasi); 4)  Wajib Pajak Orang Pribadi menyampaikan SPT Tahunan PPh yang menyalahi ketentuan penggunaan Norma Penghitungan Penghasilan Neto. 5) Wajib Pajak Orang Pribadi yang menjalankan usaha atau pekerjaan bebas atau Wajib Pajak Badan, yang mengajukan permohonan pencabutan NPWP, atau perubahan tempat terdaftarnya Wajib Pajak dari suatu KPP ke lain KPP. 6) Wajib Pajak tidak menyampaikan SPT Tahunan PPh walaupun telah dikirimkan Surat Teguran dan tidak mengajukan permohonan perpanjangan penyampaian SPT, termasuk SPT kembali pos (kempos) dan Wajib Pajak kelompok Non Efektif (NE). 7) Wajib Pajak melakukan kegiatan membangun sendiri yang pemenuhan kewajiban PPN atas kegiatan tersebut patut diduga tidak dilaksanakan sebagaimana mestinya. 8)  Wajib Pajak tidak menyampaikan: -  SPT Tahunan PPh Pasal 21 selama 2 (dua) Tahun berturut-turut. -  SPT Masa PPN dalam Tahun berjalan selama 3 (tiga) bulan berturut-turut dari suatu Tahun pajak. 9)  Wajib Pajak menyampaikan SPT Masa PPN (dalam Tahun berjalan) yang menyatakan meminta pengembalian kelebihan pembayaran pajak (restitusi) terutama sehubungan dengan penyerahan ekspor dan atau penyerahan kepada badan pemungut PPN 10) SPT Tahunan PPh Wajib Pajak yang menyatakan rugi (apabila SPT tersebut tidak termasuk dalam Pemeriksaan Kriteria Seleksi) yang pelaksanaan pemeriksaannya dikaitkan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Rutin untuk Tahun pajak lainnya. 11) Wajib Pajak yang atas permintaan sendiri mengajukan untuk dilakukan pemeriksaan atas kewajiban perpajakannya, misalnya untuk kepentingan Rapat Umum Pemegang Saham atau tax clearence; 12) Terdapat data, termasuk data PBB dan atau BPHTB yang dapat dimanfaatkan untuk ekstensifikasi Wajib Pajak dan atau Pengusaha Kena Pajak (PKP); 13) Penentuan Wajib Pajak berlokasi di daerah terpencil; 14)  Pemusatan tempat terutang PPN. 2.2  Daftar Nominatif Wajib Pajak a.  Ka KPP membuat Daftar Nominatif Wajib Pajak yang akan diperiksa baik yang akan dilakukan PL maupun Pemeriksaan Sederhana, yang meliputi Pemeriksaan Rutin sebagaimana dimaksud pada butir 2.1. dan Pemeriksaan Tahun Berjalan sebagaimana dimaksud pada butir VI dengan menggunakan formulir Daftar Nominatif Wajib Pajak seperti pada Lampiran 6 b.  Pembuatan Daftar Nominatif Wajib Pajak (yang akan diperiksa) tersebut dilakukan secara bulanan dan harus dikirimkan kepada Ka Kanwil DJP atasannya dengan tembusan kepada Ka Karikpa terkait paling lambat setiap tanggal 15 bulan berikutnya. c. Berdasarkan Daftar Nominatif Wajib Pajak yang akan diperiksa, Ka Kanwil DJP mengajukan permintaan penerbitan LP2 ke KP DJP cq Direktur P4 dengan tembusan kepada UP3 yang bersangkutan. d.  Pemeriksaan atas butir 2.1 huruf a angka 1) dapat dilaksanakan terlebih dahulu sambil menunggu diterbitkannya LP2 oleh Direktorat P4. LP2 akan langsung dikirim ke UP3 yang telah ditentukan. 2.3  Unit Pelaksana Pemeriksaan Pajak a. Pemeriksaan Rutin dilaksanakan melalui PL atau PSL atau PSK dalam hal: 1)  Terhadap SPT Tahunan PPh Wajib Pajak yang menyatakan lebih bayar sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf a angka 1). 2) Kerjasama Operasi (KSO) atau konsorsium sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 1), dan 3) Wajib Pajak mengajukan pemeriksaan atas permintaan sendiri sebagaimana dimaksud butir 2.1 huruf b angka 11), b.  Unit Pelaksana Pemeriksaan sebagaimana dimaksud dalam huruf a ditentukan oleh Ka Kanwil DJP terkait dengan memperhatikan volume pekerjaan pada masing-masing UP3. c.  Pemeriksaan Rutin dilaksanakan melalui PSL meliputi satu Tahun pajak atau seluruh masa pajak dalam Tahun pajak yang bersangkutan dalam hal : 1) SPT Tahunan PPh Pasal 21 Wajib Pajak Domisili dan atau SPT Masa PPN Wajib Pajak Domisili yang masa pajak terakhir dari suatu Tahun pajak menyatakan lebih bayar sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 2). 2) SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Orang Pribadi menyalahi ketentuan penggunaan Norma Penghitungan Penghasilan Neto sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 4). 3)   SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Badan menyatakan Rugi Tidak Lebih Bayar sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf a angka 2). 4)  Wajib Pajak mengajukan permohonan pencabutan NPWP atau Wajib Pajak mengajukan permohonan perubahan tempat terdaftar Wajib Pajak dari suatu KPP ke KPP lainnya sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 5). 5)  SPT Tahunan PPh tidak disampaikan dalam jangka waktu sebagaimana tercantum dalam Surat Teguran, termasuk SPT kembali pos dan Kelompok Non Efektif (NE) sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 6). 6)  SPT Tahunan PPh Pasal 21 tidak disampaikan selama 2 (dua) Tahun berturut-turut atau SPT Masa PPN tidak disampaikan dalam Tahun berjalan selama 3 (tiga) bulan berturut-turut dari suatu Tahun pajak sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 8). 7) Wajib Pajak melakukan kegiatan membangun sendiri sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 7). 8)  Terdapat data, termasuk data PBB dan atau BPHTB sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 12). d. Pemeriksaan Rutin dapat dilaksanakan dengan PSL atau PSK dalam hal : 1) SPT Masa PPN (dalam Tahun berjalan) sebagaimana dimaksud dalam butir 2.5 menyatakan restitusi sehubungan dengan penyerahan ekspor dan atau penyerahan kepada badan pemungut PPN sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 9). 2)  SPT Tahunan PPh Pasal 21 Wajib Pajak Lokasi dan atau SPT Masa PPN Wajib Pajak Lokasi yang masa pajak terakhir dari suatu Tahun pajak menyatakan Lebih Bayar sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 2). e. Pemeriksaan Rutin dilaksanakan dengan PL dalam hal: 1) Terdapat data prioritas dan atau alat keterangan sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf a angka 3). 2)  SPT Tahunan PPh dari Wajib Pajak Orang Pribadi/Badan yang melakukan perubahan Tahun buku, revaluasi, penggabungan, pemekaran atau pengambilalihan usaha atau likuidasi sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 3), kecuali likuidasi perusahaan yang tidak berbentuk perseroan dapat dilaksanakan melalui PSL.  2.4  Penghindaran Benturan Pemeriksaan Dalam hal Wajib Pajak selain memenuhi kriteria pemeriksaan rutin sebagaimana diatur pada butir 2.1 huruf a juga memenuhi kriteria Pemeriksaan Rutin yang dilaksanakan oleh Unit Pelaksana Pemeriksaan Lengkap sebagaimana diatur pada butir 2.3 huruf d, maka pemeriksaan untuk Tahun yang bersangkutan dilakukan melalui pemeriksaan lengkap, kecuali untuk pemeriksaan yang berkenaan dengan likuidasi perusahaan yang tidak berbentuk perseroan terbatas dengan unit pelaksana ditentukan oleh Ka Kanwil DJP atasannya. Pemeriksaan Rutin atas SPT Tahunan PPh Wajib Pajak yang menyatakan rugi yang pelaksanaan pemeriksaannya dikaitkan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Rutin untuk Tahun pajak lainnya (butir 2.1 huruf b angka 10) dilaksanakan oleh UP3 yang melakukan pemeriksaan Tahun pajak lainnya tersebut. Dalam hal atas SPT Tahunan PPh Pasal 21 dan atau SPT Masa PPN yang menyatakan lebih bayar dilakukan Pemeriksaan Rutin oleh UP3 Wajib Pajak Lokasi dan pada saat bersamaan diperiksa juga oleh UP3 Wajib Pajak Domisili, maka pemeriksaan oleh UP3 Wajib Pajak Lokasi diteruskan sepanjang UP3 Wajib Pajak Domisili tidak meminta kepada UP3 Wajib Pajak Lokasi untuk menghentikan pemeriksaan tersebut karena UP3 Wajib Pajak Domisili berwenang untuk melakukan pemeriksaan sampai dengan lokasi Wajib Pajak yang bersangkutan, seperti: UP3 Wajib Pajak Domisili di lingkungan Kantor Wilayah VI DJP Jakarta Raya Khusus terhadap KPP Wajib Pajak Lokasi di seluruh Indonesia, Kantor Wilayah DJP lainnya terhadap KPP Wajib Pajak Lokasi di wilayah wewenangnya, dan Karikpa Wajib Pajak Domisili terhadap KPP Wajib Pajak Lokasi di wilayah kerjanya. 2.5 Pemeriksaan Wajib Pajak yang memperoleh keringanan pengembalian pajak pendahuluan (Pasal 17 c Undang-Undang KUP) Wajib Pajak yang sudah mendapatkan fasilitas pengembalian pendahuluan pajak untuk SPT Tahunan Pajak Penghasilan Orang Pribadi/Badan dan SPT Masa PPN dapat dilakukan pemeriksaan apabila: terdapat data baru dan atau data yang semula belum terungkap. termasuk dalam kriteria seleksi. berdasarkan pertimbangan Direktur Jenderal Pajak. 2.6  Pemeriksaan Sederhana Kantor dengan menerapkan Audit Program Lebih Sederhana a. Dalam rangka meningkatkan pelayanan kepada Wajib Pajak Badan yang menyampaikan SPT Tahunan PPh yang menyatakan lebih bayar, dan apabila Ka Kanwil DJP terkait telah menentukan bahwa atas SPT tersebut diperiksa melalui Pemeriksaan Sederhana oleh KPP, pemeriksaan dimaksud dapat dilakukan melalui PSK dengan menerapkan audit program lebih sederhana apabila Wajib Pajak memenuhi semua syarat-syarat sebagai berikut: 1)  Laporan Keuangan Wajib Pajak diaudit oleh Akuntan Publik yang telah mendapat izin dari Direktorat Jenderal Lembaga Keuangan (DJLK) dan Akuntan Publik tersebut tidak sedang dalam pembinaan oleh DJLK, dengan pendapat Wajar Tanpa Pengecualian (unqualified opinion). 2)  SPT disampaikan tepat waktu, baik melalui perpanjangan waktu maupun tidak. 3)  Wajib Pajak tidak mempunyai tunggakan pajak yang jumlahnya signifikan. 4) Jumlah koreksi yang telah dilakukan dalam pemeriksaan terhadap SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Badan Tahun atau Tahun-Tahun pajak sebelumnya tidak signifikan. 5)  Semua SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Badan yang menyatakan rugi pada Tahun atau Tahun-Tahun pajak sebelumnya telah selesai diperiksa dan telah diterbitkan surat ketetapan pajak serta tidak terdapat indikasi tindak pidana fiskal; 6) Lokasi usaha (bukan cabang), seperti lokasi pabrik, pertambangan dan lain-lain terletak di wilayah Kantor Pelayanan Pajak (KPP) yang sama. b.  PSK dengan menerapkan audit program lebih sederhana dapat pula dilakukan atas SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Orang Pribadi yang tidak menjalankan usaha atau pekerjaan bebas. c.  Untuk dapat melaksanakan PSK dengan menerapkan audit program lebih sederhana terhadap Wajib Pajak Badan atau Orang Pribadi yang tidak menjalankan usaha atau pekerjaan bebas, maka Ka KPP harus memberitahukan PSK dimaksud kepada Ka Kanwil DJP atasannya, dengan menggunakan formulir pada Lampiran 7. Adapun Audit program lebih sederhana untuk PSK tercantum pada Lampiran 8. 2.7  Pemeriksaan Sederhana Lapangan atas Penghapusan atau Pencabutan NPWP/NPPKP karena perubahan tempat terdaftar dari suatu KPP ke KPP lainnya. a. PSL atas penghapusan atau pencabutan NPWP/NPPKP karena perubahan tempat terdaftar dapat dilaksanakan oleh KPP lama dalam hal: 1) Menguji kepatuhan Wajib Pajak dalam memenuhi semua kewajiban perpajakannya selama terdaftar sebagai Wajib Pajak di KPP lama sampai dengan Tahun pajak atau masa pajak terakhir sebelum Tahun atau masa pajak berpindahnya tempat terdaftar Wajib Pajak. 2)  Wajib Pajak yang berpindah tempat terdaftarnya baik sebagai akibat dari berubahnya status Wajib Pajak (misalnya Wajib Pajak Penanaman Modal Asing menjadi Wajib Pajak Masuk Bursa) maupun karena berpindahnya alamat Wajib Pajak. 3) Wajib Pajak Badan atau Wajib Pajak Orang Pribadi yang menjalankan usaha atau melakukan pekerjaan bebas, untuk Tahun atau Tahun-Tahun pajak yang belum diperiksa. Terhadap Wajib Pajak Orang Pribadi yang tidak menjalankan usaha atau Pekerjaan bebas, tidak perlu dilakukan pemeriksaan 4) Wajib Pajak BUT atau Wajib Pajak Luar Negeri yang terdapat tanda-tanda akan bubar atau meninggalkan Indonesia untuk seterusnya. b.  PSL dilakukan berdasarkan LP2 melalui Daftar Nominatif yang isinya bersumber pada: 1) Surat Pemberitahuan Pindah yang disampaikan oleh Wajib Pajak yang bersangkutan ke KPP lama; atau 2)  Tembusan Surat Pemberitahuan Pindah atau data lainnya dalam hal Surat Pemberitahuan Pindah tersebut disampaikan langsung oleh Wajib Pajak yang bersangkutan ke KPP baru. c. Hasil PSL oleh KPP lama dituangkan dalam Laporan Pemeriksaan Pajak (LPP) dan Nota Penghitungan Pajak (NPP) dan ditindaklanjuti dengan mengirimkan LPP dan NPP tersebut ke KPP baru untuk ditindaklanjuti dengan penerbitan surat ketetapan pajak, dalam jangka waktu 3 (tiga) hari setelah tanggal pembahasan akhir, dalam hal Surat Pemberitahuan Telah Terdaftar di KPP baru telah diterima dari KPP baru sebelum LPP dan NPP selesai dibuat, dan pengiriman LPP dan NPP ke KPP baru tersebut dilakukan dengan menggunakan Surat Pengantar sesuai dengan contoh pada Lampiran 9. 2.8 Lainnya a.  Dalam hal pemeriksaan atas SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Orang Pribadi/Badan yang menyatakan lebih bayar ditemukan adanya indikasi transfer pricing yang belum dapat diungkap dalam jangka waktu penyelesaian SPT Lebih Bayar (12 bulan) maka surat ketetapan pajak harus diterbitkan dan pemeriksaan atas Wajib Pajak dimaksud dapat dilanjutkan dengan pemeriksaan ulang berdasarkan instruksi Dirjen Pajak. b. Khusus untuk Kanwil XV DJP Maluku dan Irian Jaya, apabila domisili ataupun lokasi Wajib Pajak jauh dari jangkauan KPP maupun Karikpa, untuk peningkatan efisiensi pemeriksaan Ka Kanwil dapat menentukan kebijakan melakukan pemeriksaan oleh Kantor Penyuluhan Pajak terdekat. c. Laporan Pemeriksaan Pajak (LPP) dari Pemeriksaan Rutin atas kerjasama operasi (KSO) dan konsorsium agar disampaikan juga kepada semua Kepala KPP tempat para anggota kerjasama operasi terdaftar sebagai Wajib Pajak (KPP Domisili). d. Untuk tujuan penerbitan LP2, Pemeriksaan Rutin diberi kode dengan nomor sebagaimana tercantum pada Lampiran 10.

Pemeriksaan Kriteria Seleksi

Pemeriksaan Khusus

4.4

Ketentuan Pemeriksaan Khusus Lainnya

a.

Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan dan Pembahasan Akhir 1) Pemberitahuan hasil pemeriksaan kepada Wajib Pajak dan pembahasan akhir (closing conference) baru dapat dilakukan setelah hasil pemeriksaan tersebut dibahas (review) dan disetujui oleh Direktur P4, dalam hal: a) Pemeriksaan Khusus yang instruksinya diberikan sehubungan dengan dugaan bahwa Wajib Pajak melakukan tindak pidana di bidang perpajakan; atau b) Pemeriksaan Khusus yang instruksinya diberikan berdasarkan adanya pengaduan masyarakat melalui Kotak Pos 5000; atau c) Pemeriksaan Khusus berdasarkan instruksi dari Direktur P4 karena alasan simpul data untuk Wajib Pajak tertentu. 2) Untuk tujuan pembahasan, konsep LPP yang dikirimkan kepada Direktur P4 tidak perlu diberi nomor dan tanggal laporan. Namun dalam Surat Pengantar harus dinyatakan secara jelas bahwa LPP dikirim untuk dibahas (review) oleh Direktur P4. 3) Dalam hal UP3 Wajib Pajak Domisili meminta Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Khusus, maka Permintaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi harus mencantumkan tanggal saat konsep LPP atas Pemeriksaan Khusus terhadap Wajib Pajak Domisili akan dikirim untuk dibahas (review) dan disetujui oleh Direktur P4. 4) Konsep LPP atas Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Khusus harus dikirimkan terlebih dahulu ke UP3 Wajib Pajak Domisili untuk dipergunakan sebagai bahan pertimbangan dalam menentukan tindak lanjut. 5)  UP3 Wajib Pajak Domisili harus memberitahu UP3 Wajib Pajak Lokasi tentang tindak lanjut yang diambil dalam menyelesaikan Pemeriksaan Khusus dengan menggunakan formulir Surat Pemberitahuan Tindak Lanjut Pemeriksaan Khusus seperti pada Lampiran 15. 6)  Dalam hal tindak lanjut Pemeriksaan Khusus adalah berupa penerbitan surat ketetapan pajak (bukan berupa tindakan penyidikan), maka UP3 Wajib Pajak Lokasi menyelesaikan LPP (mengadakan Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan (closing conference) berdasarkan konsep laporan yang telah dikirimkan ke UP3 Wajib Pajak Domisili, kemudian membuat NPP untuk diterbitkan surat ketetapan pajak. LPP dikirimkan pula ke UP3 Wajib Pajak Domisili. 7)  Dalam hal tindak lanjut Pemeriksaan Khusus adalah berupa tindakan penyidikan, maka UP3 Wajib Pajak Lokasi menyelesaikan LPP berupa laporan sumier, dan kemudian mengirimkannya ke UP3 Wajib Pajak Domisili disertai dengan kertas kerja pemeriksaan (KKP).

b.

Ketentuan Lainnya. 1) LPP harus memuat penjelasan mengenai terbukti atau tidaknya alasan yang menjadi dasar diterbitkannya persetujuan atau instruksi Pemeriksaan Khusus sehubungan dengan adanya pengaduan masyarakat. 2) Untuk memantau apakah alasan pemeriksaan atau perluasan pemeriksaan dapat dipenuhi, maka hasil Pemeriksaan Khusus harus dilaporkan kepada Direktur P4 dan Ka Kanwil DJP atasannya dengan cara membuat Laporan Ikhtisar Hasil Pemeriksaan Khusus dengan menggunakan formulir seperti pada Lampiran 16. 3) Laporan Ikhtisar Hasil Pemeriksaan Khusus sebagaimana dimaksud pada angka 2) di atas merupakan bahan pertimbangan bagi Direktur P4 dan atau Ka Kanwil DJP atasannya dalam melakukan pembinaan terhadap Ka UP3 dan para Pemeriksa Pajak yang bersangkutan. 4)  Laporan lkhtisar Hasil Pemeriksaan Khusus dapat dipergunakan juga sebagai bahan pertimbangan dalam memberikan persetujuan atau instruksi Pemeriksaan Khusus terhadap Wajib Pajak lainnya untuk Unit Pelaksana Pemeriksaan Khusus yang bersangkutan. 5) Pemeriksaan Khusus sehubungan dengan adanya perluasan Tahun pajak yang diperiksa, baru dapat dilaksanakan setelah Direktur P4 menerbitkan LP2 berdasarkan persetujuan, instruksi atau pemberitahuan tentang adanya perluasan Pemeriksaan Khusus. Untuk keperluan administrasi pemeriksaan, kriteria Pemeriksaan Khusus Tahun perluasan dianggap sama dengan kriteria Pemeriksaan Khusus Tahun yang diperluas, misalnya : Pemeriksaan Khusus Tahun pajak 2000 dilaksanakan berdasarkan pengaduan masyarakat. Pemeriksaan Khusus diperluas dengan Tahun pajak 1998 dan 1999, karena masing-masing SPT Tahunan PPh Wajib Pajak menyatakan rugi dan terdapat indikasi bahwa Wajib Pajak melakukan tindak pidana di bidang perpajakan. Kriteria Pemeriksaan Khusus untuk Tahum pajak 1998 dan 1999 dianggap sama dengan kriteria Pemeriksaan Khusus untuk Tahun pajak 2000, yaitu pengaduan masyarakat (bukan dengan kriteria rugi atau tindak pidana di bidang perpajakan).

Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi

a.	Pemeriksaan terhadap Wajib Pajak Lokasi dapat dilaksanakan sehubungan dengan: 1)  SPT Tahunan PPh Pasal 21 dan atau SPT Masa PPN menyatakan Lebih Bayar sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 2) dan angka 9) (termasuk dalam Pemeriksaan Rutin). 2) SPT Tahunan PPh Pasal 21 dan atau SPT Masa PPN tidak disampaikan masing-masing selama 2 (dua) Tahun berturut-turut atau 3 (tiga) bulan berturut-turut dari suatu Tahun pajak sebagaimana dimaksud pada butir 2.1 huruf b angka 8) (termasuk dalam Pemeriksaan Rutin). 3) Permintaan dari UP3 Wajib Pajak Domisili dan atau usulan dari UP3 Wajib Pajak Lokasi. Usulan dari UP3 Wajib Pajak Lokasi hanya dapat dilakukan untuk Pemeriksaan Tahun Berjalan.
b.	UP3 Wajib Pajak Domisili harus meminta UP3 Wajib Pajak Lokasi untuk melakukan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi, kecuali terhadap Wajib Pajak Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi, serta Wajib Pajak yang telah memperoleh izin pemusatan tempat terutang PPN. Dalam hal-hal tertentu pemeriksaan terhadap Wajib Pajak yang Domisili-nya berbeda dengan lokasi usahanya harus dilakukan pemeriksaan terintegrasi di bawah koordinasi Direktur P4 dengan mempertimbangkan usul dari UP3 Wajib Pajak Domisili.
c.	Dalam hal SPT Tahunan PPh Pasal 21 dan atau SPT Masa PPN Wajib Pajak Lokasi menyatakan lebih bayar sebagaimana dimaksud dalam huruf a angka 1) di atas disampaikan oleh Wajib Pajak Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi, UP3 Wajib Pajak Lokasi harus melakukan pemeriksaan sepanjang UP3 Wajib Pajak Domisili belum melakukan pemeriksaan.
d.	UP3 Wajib Pajak Lokasi harus melaporkan hasil pemeriksaannya ke UP3 Wajib Pajak Domisili. Berdasarkan pemeriksaan lokasi tersebut, Ka Kanwil harus mengusulkan kepada Direktur P4 untuk dilakukan pemeriksaan Wajib Pajak Domisili sesuai dengan contoh formulir pada Lampiran 17.
e.	Ka UP3 Wajib Pajak Domisili di lingkungan Kanwil VI DJP Jaya Khusus dapat meminta dilakukan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi atas cabang/kegiatan usaha/pabrik Wajib Pajak Domisili termasuk Wajib Pajak Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi serta Wajib Pajak lainnya yang sudah mendapat izin untuk melakukan pemusatan pembayaran misalnya PPN dan terhadap Wajib Pajak lainnya walaupun data Wajib Pajak Lokasi dapat diperoleh secara lengkap oleh UP3 Wajib Pajak Domisili.
f.	Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi untuk Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi harus dilakukan oleh UP3 Wajib Pajak Domisili, kecuali atas pertimbangan Ka Kanwil DJP yang membawahi UP3 tersebut atau Direktur P4, pemeriksaan atas Wajib Pajak Lokasi dimaksud harus dilakukan oleh UP3 Wajib Pajak Lokasi yang terkait.
g.	Permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi harus dilakukan paling lambat 3 (tiga) hari setelah Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak disampaikan kepada Wajib Pajak Domisili, dengan menggunakan Surat Permintaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi sesuai dengan contoh formulir pada Lampiran 18.
h.	Dalam hal Surat Permintaan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi diterbitkan melebihi jangka waktu sebagaimana dimaksud pada huruf g di atas, UP3 Wajib Pajak Domisili harus menjelaskan secara tertulis alasan keterlambatan tersebut kepada UP3 Wajib Pajak Lokasi dengan tembusan kepada Ka Kanwil DJP terkait.
i.	Permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi harus diajukan oleh UP3 Wajib Pajak Domisili, yaitu KPP, Karikpa, Kanwil DJP atau KP DJP: 1)Permintaan pemeriksaan oleh KPP diatur sebagai berikut: a) Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di dalam wilayah Kanwil DJP yang sama, permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dapat langsung ditujukan kepada KPP terkait dengan tembusan Kanwil DJP atasannya. b) Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di wilayah Kanwil DJP yang berbeda, permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dapat langsung ditujukan kepada KPP lokasi dengan tembusan kepada Kanwil DJP atasannya dan Kanwil DJP lainnya yang terkait. 2) Permintaan pemeriksaan oleh Karikpa diatur sebagai berikut: a) Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di dalam wilayah Kanwil DJP yang sama, permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dapat langsung ditujukan kepada Karikpa terkait dengan tembusan Kanwil DJP atasannya. b) Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di wilayah Kanwil DJP yang berbeda, permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dapat langsung ditujukan kepada Karikpa lokasi dengan tembusan kepada Ka Kanwil DJP atasannya dan Ka Kanwil DJP lainnya yang terkait. 3)Permintaan pemeriksaan oleh Kanwil DIP diatur sebagai berikut: a)  Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di dalam wilayah Kanwil DJP yang sama, pemeriksaan harus dilakukan oleh Tim Pemeriksa Kanwil DJP yang bersangkutan kecuali berdasarkan pertimbangan efisiensi harus dilakukan permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi kepada Karikpa atau Unit Pelaksana Pemeriksa terkait. b) Apabila Wajib Pajak Lokasi berada di wilayah Kanwil DJP yang berbeda, maka permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dapat diajukan kepada Karikpa terkait dengan tembusan kepada Kanwil DJP atasannya dan Direktur P4. 4)Permintaan pemeriksaan oleh KP DJP dapat langsung ditujukan kepada Karikpa terkait dengan tembusan    kepada Kanwil DJP atasannya.
j.	Permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi oleh KPP Domisili kepada KPP Lokasi hanya dapat dilakukan apabila pemeriksaan Wajib Pajak Domisili oleh KPP Domisili dilakukan melalui PSL.
k.	Surat Perintah Pemeriksaan Pajak (SP3) Wajib Pajak Lokasi harus diterbitkan paling lama 3 (tiga) hari setelah tanggal diterimanya permintaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dan pemeriksaannya harus dilaksanakan selambat-lambatnya 3 (tiga) hari setelah tanggal SP3 Wajib Pajak Lokasi.
l.	Penyelesaian pemeriksaan terhadap Wajib Pajak Domisili harus menunggu hasil pemeriksaan terhadap Wajib Pajak Lokasi. Dalam hal LPP Wajib Pajak Lokasi belum dapat diselesaikan, maka pemeriksaan Wajib Pajak Domisili dapat diselesaikan tanpa menunggu LPP Wajib Pajak Lokasi setelah Kepala UP3 Wajib Pajak Domisili memberitahukan hal tersebut kepada Ka UP3 Wajib Pajak Lokasi.
m.	Apabila di kemudian hari UP3 Wajib Pajak Domisili menerima LPP Wajib Pajak Lokasi yang datanya belum tercakup dalam LPP Wajib Pajak Domisili, maka data baru tersebut harus ditindaklanjuti sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
n.	Tim Pemeriksa Wajib Pajak Domisili dapat meminjam semua buku, catatan dan dokumen sehubungan dengan kegiatan usaha yang dilakukan oleh Wajib Pajak Lokasi. Dalam hal dokumen yang diperlukan oleh UP3 Wajib Pajak Lokasi telah dipinjamkan/diserahkan kepada UP3 Wajib Pajak Domisili, maka UP3 Wajib Pajak Lokasi agar melakukan peminjaman dokumen yang diperlukan secara langsung kepada UP3 Wajib Pajak Domisili.
o.	LPP atas pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dikirim langsung kepada UP3 Wajib Pajak Domisili dengan memperhatikan ketentuan sebagaimana dimaksud pada butir 4.4 huruf a angka 3) sampai dengan 7).
p.	Tindak lanjut atas hasil pemeriksaan terhadap Wajib Pajak Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi diatur sebagai berikut: 1) LPP harus mencakup hasil pemeriksaan terhadap seluruh cabang; 2) Atas pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi yang seluruhnya dilakukan oleh UP3 Wajib Pajak Domisili, LPP sebagaimana dimaksud pada angka 1) dikirim kepada masing-masing UP3 Wajib Pajak Lokasi yang terkait dengan menggunakan Surat Pengantar; 3)  NPP untuk seluruh jenis pajak yang menjadi kewajiban Wajib Pajak Bank, Lembaga Pembiayaan dan Asuransi dibuat oleh: -  UP3 Wajib Pajak Domisili untuk seluruh jenis pajak terutang di KPP Wajib Pajak Domisili; -  UP3 Wajib Pajak Lokasi untuk seluruh jenis pajak terutang di KPP Wajib Pajak Lokasi.
q.	Pengawasan terhadap pelaksanaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dilakukan oleh Ka Kanwil DJP dan dituangkan dalam Lembar Pengawasan Pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi dengan menggunakan formulir sesuai contoh pada Lampiran 19.
r.	Dalam hal berdasarkan hasil pengawasan diketahui terdapat UP3 Wajib Pajak Lokasi yang belum menyelesaikan pelaksanaan pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi sesuai dengan jangka waktu yang telah ditentukan, maka Ka Kanwil DJP harus memberikan peringatan dan pembinaan kepada UP3 Wajib Pajak Lokasi.

Pemeriksaan Tahun Berjalan

a.	Pemeriksaan Tahun Berjalan terhadap Wajib Pajak Domisili dilakukan meliputi seluruh jenis pajak (all taxes) dan tidak perlu dikaitkan dengan pemeriksaan Tahun sebelumnya.
b.	Pemeriksaan Tahun Berjalan dapat dilaksanakan terhadap Wajib Pajak Lokasi berdasarkan pertimbangan Ka Kanwil DJP khususnya para pemotong atau pemungut pajak (Withholding) termasuk PPh Pasal 23, PPh Pasal 26, dan PPN serta PPnBM.
c.	Pemeriksaan Tahun Berjalan dapat pula dilakukan berdasarkan instruksi Direktur P4 sehubungan dengan pelaksanaan Pemeriksaan Khusus atau Pemeriksaan Bukti Permulaan.
d.	Pemeriksaan Tahun Berjalan Wajib Pajak dalam rangka ekstensifikasi diperlakukan seperti pemeriksaan Wajib Pajak Lokasi.
e.	Pelaksanaan Pemeriksaan Tahun Berjalan hanya dapat dilakukan atas masa pajak sampai dengan bulan Oktober Tahun yang bersangkutan.
f.	Kegiatan Pemeriksaan Tahun Berjalan ini dilaporkan setiap bulan ke Kanwil DJP untuk dibuat Laporan Rekapitulasi Bulanan dan dikirimkan ke Direktorat P4 sesuai formulir pada Lampiran 20.

Pemeriksaan Bukti Permulaan

a.	Laporan Pengamatan dan atau LPP yang mengindikasikan bahwa Wajib Pajak melakukan tindak pidana di bidang perpajakan harus ditindaklanjuti dengan Pemeriksaan Bukti Permulaan.
b.	Instruksi untuk melakukan Pemeriksaan Bukti Permulaan diberikan oleh Direktur P4 atau Ka Kanwil DJP.
c.	SP3 ditandatangani oleh Ka UP3 PL.
d.	Pemeriksaan Bukti Permulaan dilaksanakan oleh Tim Pemeriksa yang berasal dari Direktorat P4 atau Kanwil DJP atau Karikpa terkait, dan sekurang-kurangnya satu orang anggota Tim Pemeriksa adalah Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS).
e.	Dalam hal pemeriksaan terhadap Wajib Pajak yang SPT-nya menyatakan Lebih Bayar terdapat indikasi tindak pidana di bidang perpajakan sehingga pemeriksaan ditingkatkan dengan tindakan penyidikan, Direktur Jenderal Pajak dapat menerbitkan Surat Keputusan Akan Dilakukan Tindakan Penyidikan sebelum berakhirnya jangka waktu pengembalian kelebihan pembayaran pajak.

Lain-lain

a.	Mengingat volume pekerjaan pada masing-masing UP3, Ka Kanwil DJP dapat mengalihkan pelaksanaan pemeriksaan pajak dari UP3 Pemeriksaan Sederhana ke UP3 PL atau sebaliknya, dan dari Karikpa ke Kanwil DJP atasannya atau sebaliknya. Dalam hal terdapat pengalihan pemeriksaan pajak, Ka Kanwil DJP yang bersangkutan memberitahukan kepada Direktur P4, berikut alasannya dengan menggunakan formulir sesuai dengan contoh pada Lampiran 21.
b.	Hasil temuan PSK yang dituangkan dalam Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) harus diterima oleh Wajib Pajak dalam jangka waktu selambat-lambatnya 7 (tujuh) hari sebelum jangka waktu pemeriksaan berakhir. Sanggahan dan pembahasan akhir harus sudah dilakukan selambat-lambatnya dalam waktu 4 (empat) hari sejak diterimanya SPHP.
c.	Hasil temuan PSL dan PL yang dituangkan dalam SPHP harus diterima oleh Wajib Pajak dalam jangka waktu selambat-lambatnya 14 (empat belas) hari sebelum jangka waktu pemeriksaan berakhir. Sanggahan dan pembahasan akhir harus sudah dilakukan selambat-lambatnya dalam waktu 7 (tujuh) hari sejak diterimanya SPHP.
d.	Ka Kanwil DJP harus melakukan pengawasan terhadap pelaksanaan pemeriksaan oleh UP3 PL atau UP3 Pemeriksaan Sederhana, baik mengenai kualitas pemeriksaan, jangka waktu pemeriksaan maupun standar prestasi pemeriksa per Tahun.
e.	Berkas/Data Wajib Pajak yang dipinjam dari KPP oleh UP3 harus meliputi 3 (tiga) Tahun terakhir (termasuk Tahun pajak yang sedang diperiksa) dan jangka waktu pengiriman berkas paling lambat 7 (tujuh) hari sejak tanggal diterimanya Surat Peminjaman Berkas/Data Wajib Pajak.
f.	Dalam rangka membantu upaya penertiban pemberian Klasifikasi Lapangan Usaha (KLU) sesuai dengan lapangan usaha yang sebenarnya, dalam setiap melakukan pemeriksaan baik yang dilakukan melalui PL maupun PSL Pemeriksa Pajak harus melakukan penelitian atas kebenaran pemberian KLU yang tercantum pada SPT Tahunan PPh Wajib Pajak dan hasil penelitian terhadap kebenaran KLU tersebut merupakan bagian dari LPP. Dalam hal terjadi ketidaksesuaian KLU, sebelum LPP dibuat, Pemeriksa Pajak harus mengirimkan hasil penelitian KLU kepada Kepala KPP yang bersangkutan c.q. Kepala Seksi TUP dengan menggunakan formulir Laporan Penelitian KLU sebagaimana contoh pada Lampiran 22.
g.	Dalam rangka membantu pencairan tunggakan PBB, maka Pemeriksa Pajak setiap melakukan pemeriksaan baik yang dilakukan melalui PL maupun PSL, di samping melakukan pemeriksaan PBB Tahun pajak yang diperiksa, juga harus melakukan penelitian atas Surat Pemberitahuan Pajak Terutang (SPPT) PBB untuk 5 Tahun terakhir (termasuk Tahun pajak yang sedang diperiksa) sebelum Tahun dilaksanakannya pemeriksaan yang bersangkutan dengan tujuan untuk mengetahui apakah utang PBB sudah dilunasi atau belum.
h.	Untuk meningkatkan pelayanan kepada Wajib Pajak, pembuatan dan pengiriman LPP dan NPP, diatur sebagai berikut: 1)  Dalam hal pemeriksaan dilakukan melalui PL, Pemeriksa harus membuat LPP dan NPP dan menyampaikannya bersama-sama dengan berkas/data Wajib Pajak yang bersangkutan kepada KPP terkait dalam batas waktu paling lambat 3 (tiga) hari setelah Pembahasan Akhir. 2) Dalam hal pemeriksaan dilakukan melalui PSL dan PSK, Pemeriksa harus membuat LPP dan NPP dan menyampaikannya kepada seksi TUP dalam batas waktu paling lambat 3 (tiga) hari setelah Pembahasan Akhir. 3) Tanggal LPP dibuat sama dengan tanggal NPP.
i.	Untuk membantu pelaksanaan penagihan aktif, setiap pembuatan LPP harus melampirkan Daftar Harta Kekayaan Wajib Pajak/Penanggung Pajak sebagaimana telah ditegaskan dalam Surat Edaran Nomor : SE-02/PJ.75/2000 tanggal 14 Maret 2000.
j.	Dalam hal Wajib Pajak mengajukan keberatan/banding atas surat ketetapan pajak yang timbul akibat pemeriksaan, KPP terkait harus mengirimkan tindasan uraian keputusan keberatan/putusan banding kepada Unit Pelaksana Pemeriksaan sebagai bahan analisis dan evaluasi hasil pemeriksaan yang telah dilakukan serta peningkatan kualitas pemeriksaan yang akan dilaksanakan. Analisis dan evaluasi tersebut harus dilaporkan secara triwulanan ke Kanwil DJP atasannya sebagai bahan pembinaan.